本校舎は昭和３８年３月１号館が竣工、同年１２月に２号館が竣工。また、１号館と２号館の渡り廊下、及び昇降口として３号館が竣工した。昭和５５年には３号館の一部を解体し、３階が増改築され、３つの校舎はエキスパンションジョイントにより連結されていた。本計画では、安全で快適な教育環境を確保するため、リファイニングにより校舎の長寿命化を図った。また、生徒と教職員同士の意見交換の場としてワークショップを開催し、『魅力ある藤沢翔陵高等学校』をテーマにグループディスカッションを共に行なった結果、ゾーニング及び各諸室の配置を再構築することとし、各校舎の工事は平成３０年から令和２年にかけて順次行う方針となった。

構造に関しては老朽化から機能性・耐震性の低下等が見受けられるため、躯体実測、躯体はつり調査、鉄筋探査により構造図を復元し、高架水槽及び庇等の撤去による重量軽減、耐震補強により耐震性を確保した。なお、文部科学省の耐震補強工事の補助金、更に、自衛隊等の航空機の騒音対策として、防衛省の防音工事（建具・内装復旧・空調設備工事等）の補助金を受給するにあたり、それぞれの補助対象となる工事を明確に区分し、重複しないようにした。また、工事期間は平成３０年から令和２年までの各年度に完工する計画とし、３カ年に渡り継続的に両補助金を受給した。

教室等は時代の変化に対応した用途変更が繰り返され、建物内には普通教室・特別教室・管理系統がそれぞれに配置されていた。改修後の再配置としては、１号館は普通教室、２号館は特別教室と各教科研究室、３号館は受付・職員室・会議室等とした。なお、校舎内は二足制から一足制へ変更し、シューズボックスエリアの有効活用が図られた。校舎の顔となる３号館１階の東外壁面には、スクールカラー「紫紺」を塗布し、昇降口と廊下の内壁まで同色に統一する事により内外装の一体性を図った。更に１号館と２号館の外部建具周囲においてスクールカラーに属した３色を配色し、各階の階段室及び廊下の壁一面を大胆にアクセント壁にする事により活気ある空間を計画した。なお、校舎設立時より設置されている人造石研出の床材は歴史の継承として継続利用した。